według Spinozy nie wolność wyznania stanowiła o istocie tolerancji. Wolność poszczególnych kościołów jest zdecydowanie kwestią drugorzędną. Dla niego bowiem tolerancja wiąże się przede wszystkim z rozszerzeniem sfery wolności jednostki, a nie z rozrostem kościołów. Prawdę, zdaniem Spinozy, można pojąć jedynie poprzez rozum naturalny. Instrumentem tego poznania jest filozofia. Z tego właśnie powodu, to właśnie wolność myśli i słowa, a nie wolność sumienia i wyznania, stanowi sedno tolerancji. Spinoza był szermierzem demokracji, która była w jego ujęciu idealnym ustrojem urzeczywistniania się rozumu, nie zaś systemem władzy sprawowanej przez większość.